I villi intestinali sono rivestiti da un epitelio colonnare semplice, composto di numerosi tipi cellulari tra cui ricordiamo gli enterociti (i più numerosi) e le cellule caliciformi mucipare (frecce), disperse tra gli enterociti.
Notare come a differenza dell'epitelio della mucosa gastrica (dove le cellule di rivestimento sono tutte mucose), nell'intestino le cellule mucipare siano frammiste ad altri tipi cellulari.
La mucina prodotta dalle cellule mucipare lubrifica il contenuto intestinale in transito e protegge l'epitelio.

L'asse dei villi è formato da una estensione della lamina propria. E' costituito da tessuto connettivo lasso riccamente vascolarizzato.